เรื่องราวของ SSSS กริดแมน จะเล่าถึง ฮิบิกิ ยูตะ เด็กหนุ่มที่เพิ่งฟื้นจากอาการความจำเสื่อม แถมยังมีความสามารถในการเห็นพลังงานบางอย่างที่คนทั่วไปมองไม่เห็น รวมไปถึง “กริดแมน” ผู้พิทักษ์โลกไซเบอร์ที่คอยปราบปรามสิ่งผิดปกติ หรือไวรัสคอมพิวเตอร์ทั้งหมดทั้งมวลในโลกไซเบอร์ และพวกที่หลุดมายังโลกจริง ซึ่งกริดแมน ก็ได้มาสถิตย์ในคอมพิวเตอร์ของเพื่อนร่วมชั้นอย่าง ทาคาราดะ ริกกะ จนกระทั่งวันหนึ่ง ยูตะถูกดูดเข้าไปในโลกไซเบอร์ และได้ทำสัญญาบางอย่างกับกริดแมน ทำหน้าที่ปกป้องโลกไซเบอร์ และโลกความเป็นจริงอีกด้วย