เรื่องราวจะอยู่ในยุค Meiji ที่ 64 ที่ Tokugawa Yoshinobu ยังคงรักษาอำนาจไว้ได้และจักรพรรดิ Meiji ไม่เคยฟื้นคืนสู่อำนาจ เนื้อเรื่องจะโฟกัสไปที่ “Kuchinawa” องค์กรที่ไม่เห็นด้วยกับรัฐบาลและมีเป้าหมายเพื่อล้มล้างการปกครองกับ “Nue” องค์กรมืดของรัฐบาล Tokugawa ที่ได้รับความไว้วางใจให้ทำการขุดรากถอนโคนองค์กร Kuchinawa